Действието в сериала се развива във вселената на "Междузвездни войни" между Епизод II и Епизод III на сагата на Джордж Лукас и след пълнометражната анимация "Войните на клонираните". "Междузвездни войни" се показва в нова светлина с първия анимационен сериал на Lucasfilm Animation - "Междузвездни войни: Войните на клонираните".

Войните на клонираните се простират из цялата галактика, а рицарите-джедаи се борят да въдворят ред и да възстановят мира в нея. Все повече системи в Републиката стават жертва на силите на Тъмната страна и безконечната армия от дроиди на Сепаратистите.Проследете приключенията на Анакин Скайуокър, Асока Тано, Оби-Уан Кеноби, Падме Амидала, Си Трипио, Арту Диту, граф Дуку, генерал Грийвъс, Асаж Вентрес и много други, представени по един нов, различен начин. Мистерии, заговори и приключения очакват героите ни в третия сезон на "Войните на клонираните". Войната продължава да бушува из галактиката и тъмната страна набира сили. Границата между доброто и злото се размива, разкриват се тайни, истини се поставят под въпрос и съюзни се разцепват. Зад всеки ъгъл дебнат изненади, а съдбата на Избрания най-накрая ще бъде разкрита.